Mae i’w credu bod y safle lle y bu Porthaethwy yn sefyll ar hyn o bryd wedi’i gyfannedd ers miloedd o flynyddoedd. Mae bwyellau wedi’i ddarganfod o’r Oes Neolithig (3000-2000CC) a wrnau claddu a bwyellau o’r Oes Efydd. Yn ogystal â hyn mae sawl person wedi darganfod arteffactau Rhufeinig yn yr ardal, yn cynnwys casgliad o 37 darn arian yn dyddio o’r 3ydd ganrif. Mae’n debygol bod y fan hon wedi bod yn hollbwysig ers blynyddoedd fel man croesi’r Menai. Mae hyn i’w ddisgwyl gan fod y Fenai ar ei lleiaf ger Porthaethwy.
Mae llawer o adroddiadau hanesyddol i’w gael am ddigwyddiadau a digwyddodd tu fewn i ffiniau’r dref. Yn 1188 glaniodd Archebog Caergaint ar lannau Ynys Môn gyda Gerallt Cymro mewn cais i gynyddu’r cymorth am groesgadau. Mae’n debyg y glaniodd yr Archesgob yng Nghilfach Cadnant neu yn agos i Ynys Tysilio. Mae’r Eglwys ar Ynys Tysilio yn dyddio yn ôl i’r 15fed canrif, ond mae haneswyr yn fwy neu lai yn sicr y bu yn llai wedi sefyll ar yr un ynys am y canrifoedd cynt.
Yn o’r prif ddigwyddiadau yn Hanes Y Gymru yw’r Frwydr Porthaethwy. Digwyddodd hwn ym Mhorthaethwy yn 1194. Yn ystod y Frwydr lladdodd Llewelyn Ap Iorwerth (wedyn yn cael ei alw’n Llewelyn Fawr) ei ewythr Rhodri, mab Owain Gwynedd. Mae’r digwyddiad yma’n hollbwysig, gan ysgrifennwyd am Borthaethwy am y tro gyntaf.
Erbyn diwedd y 1500au, mae stori hanes y dref yn dangos sut y newidiodd yr ardal fel y mae i’w weld heddiw. Mae’r Afon Menai i’w weld fel man pysgota bwysig, a chafodd coredau pysgod a melin llanw eu hadeiladu yn yr ardal. Mae’r ddogfennaeth gyntaf am longau yn croesi’r Menai yn dyddio o’r un adeg. Yn ystod y 100 mlynedd yn ddiweddarach, tyfodd y dref. Erbyn 1681, cynhaliwyd y Ffair Borth gyntaf. Yn 1688 agorwyd y Tŷ Fferi Bangor (neu Cambria Inn) i’r cyhoedd. Mae’r adeilad dal yn sefyll, ac yr adeilad hon yw’r hynaf yn y dref.
Yn 1805, comisiynodd y bonedd lleol Lord Bulkely i adeiladu ffordd i gysylltu Porthaethwy â Biwmares. Ar ôl i’r ffordd cael ei orffen, a gyda chymorth y bont newydd cynyddodd nifer yr ymwelwyr i Borthaethwy. Symudodd pobl i fyw yn y dref, a cHynyddodd y boblogaeth.
Yn fwy diweddaraf, ar ôl agor y lôn i Fiwmares, llwyddodd busnes teulu’r Davies yn y dref. Roedd Richard Davies yn groser, ac agorwyd siop ar ymyl y dref wrth Bont grog y Borth. Tyfodd y busnes yn sydyn, ac roedd gan y teulu llawer o gychod ag oedd yn cludo pren ar draws y byd. Erbyn 1850, defnyddiwyd y llongau i fynd ag allfudwyr i America. Adeiladodd teulu’r Davies adeilad ar gyfer yr Ysgol Brydeinig, ag oedd yn cystadlu gydag Ysgol Genedlaethol yr eglwys. Parhaodd teulu’r Davies i fasnachu yn yr ardal tan werthodd y teulu eu llong olaf yn 1905.
Ers hyn, fynnodd y dref ar ddiwedd y 19eg Ganrif. Parhaodd y dref i ffynnu hyd at ddiwedd y Rhyfel Byd Cyntaf. Yn y blynyddoedd yma, cafodd y dref ei droi yn gwŷl-dref Edwardaidd, a theithiodd gychod o Lerpwl i’r dref i gludo’r twristiaid. Mae’n debygol, yn yr amser hwn, newidiodd yr enw Saesneg am y dref i ‘Menai Bridge’.
Cafodd y syniad i adeiladu promenâd a gafodd traethau eu creu ar ymylon y Fenai yn agos i’r dref. Yn ystod y rhyfel, adeiladodd y ffoaduriaid Belgaidd y Promenâd y Belg. Yn anffodus, ar ôl problemau’r farchnad caeodd y cwmni Llongau Stêm Lerpwl a Gogledd Cymru yn y 1960au, gan dorri cyswllt y dref gyda’u hymwelwyr.